本学院を訪れてひときわ目をひくのは、この美しいチャペル棟でしょう。斬新なデザインの中にも、旧講堂時代の椅子やステンドグラスを取り入れたこのチャペルは、私たちの日々の生活のよりどころであり、ミッションスクールの伝統を守りながら、絶えず新しいものを受けいれていこうとする本学院の精神の、最高のシンボルです。

チャペル内部の上層階には、礼拝のたびに素晴らしい音色を奏でるパイプオルガンが備え付けられています。このパイプオルガンは、世界的に有名なオルガニストであるジグモント・サットマリー教授が選定と設置に特別に深く関与して下さったものです。

チャペル棟内にはこの他、職員室、図書館、事務所、カウンセリングルーム、校長室などがあります。

女子聖学院の創立100周年を記念した新しい本館は、2007年12月に竣工しました。

この新校舎の特徴は、何といっても明るく大きな窓でしょう。すべて南向きのHR教室には、まぶしいほどの自然光があふれています。教室のドアにもガラスがはめこまれ、廊下から教室内の様子がよく見えるようになっています。内装には天然木材がふんだんに使われ、教室内の机、イス、ロッカーなどは明るい木目で統一されています。

校舎内にはいたるところに十字架のモチーフが配されています。校舎の屋根、教室のドア、階段のてすり。ダイヤ型にデザインされた十字架が、生徒たちを見守ります。

本館の中庭側と翠耀会館周辺には回廊が巡らされています。
回廊の上部は緑化され、外壁部分にはところどころに美しいステンドグラスがはめ込まれています。
足元には水路がひかれ、水底には御影石の黒い石が敷きつめられています。

翠耀会とは本学院の同窓会の名称です。新校舎建築に合わせて、翠耀会館も新築されました。

翠耀会館の1階には購買部があり、翠耀会によって運営されています。おもに文房具や学用品の販売をしてくださったりしていますが、やはり生徒が一番お世話になるのは昼食のときでしょう。大先輩にあたる翠耀会会員の方々が奥の厨房でお料理してくださり、できたての安心な食べ物を提供してくださいます。本校ではお弁当持参が基本ですが、いざというときの心強い味方です。

翠耀会館の2階は集会室になっています。同窓会などの集会に用いられています。

色合いの違うレンガを敷きつめた銀杏広場では、保護樹木として北区より指定されているイチョウやサクラの大木を見ることができます。レンガは12角の星形をアレンジしてあり、それぞれの頂点にはキリストの12弟子の名前を彫ったプレートが埋め込んであります。

銀杏広場の周囲にはベンチがおいてあり、休み時間や放課後には生徒の憩いの場となっています。

校庭と校舎の間には中庭が広がっています。女子聖学院は緑あふれる環境を守り、生徒とともに育んでまいりました。春には新緑の力強い芽吹き、秋には黄金色に輝く一面の絨毯など、四季折々の美しい様相を楽しむことができます。特に中庭は生徒の憩いの場として、また小さな植物を慈しむ園芸授業および理科教育の場としても大切にされてきました。

体育館にはアリーナが2面あります。
天井の高いアリーナは球技などに使われ、天井の低いアリーナはリトミックなどの授業のほか、ダンス部やチアリーディング部などの活動に用いられています。
内部には更衣室のほか、体育系クラブのための部室もあります。