この学校は進路指導のプリントをホームページでアップしているが、面倒見は悪くないように見える。

英数国3教科入試（内申は別として）やし、東大寺、西大和とかよりずっと簡単やろうな

進学のための特化したクラスでなく、理数が好きな子のための専科。学校側もそこを一応説明会では案内しているが、一定数が入学後に「違った」と途中で退学などもままあると聞いています。実際に毎年何人かは抜けます。反対に、もう理数や実験が好きで好きで仕方ない子にはとても満足できると思います。
専科として作られているため、取得単位の構成そのものが普通科とは違っていて、普通科で選択できる文系科目の一部はそもそも用意されていません。なので、途中から文転する可能性が少しでもある場合には、やめておいた方がいいです。普通科への転科も不可能です。予備校など独自に文系科目を勉強することはできますが、大学では受験教科の高校での単位取得を受験前提条件にしているところもあるので(有名難関大ほどそう）、理系からの文転を簡単に考えないほうがいいです。繰り返しになりますが中学生の時点で、100％理系に進むことが断言できる子にはおすすめ。「中学時代は国語が嫌いで数学の方が点数がとりやすいから好きだった」程度のレベルで入学すると後悔するかもしれません。中学の数学と高校で習う数学は全然違うし、物理に取り組めるかも重要です。

入試難易度、生徒レベルなどはどのくらいですか？

難易度は、神戸の普通科受験層の上位者といったところです。一番上の生徒は天才君みたいなレベルだったりしますが、全員がそうだというわけではないです。平均点では普通科よりも総理が上ですが、総理の真ん中から下だと普通科の上位層に負けます。総理は全県学科のため、普通科は学区外になるため受験ができない西宮市の生徒が越境して受験したり、内申が悪くて神戸の普通科受験が難しい（けれど理数の試験点がよい）生徒が受験したりするケースもあるので。理数が得意な子同士の競争が教科数を絞った形で試験を受けるので、成績に凸凹がある生徒がいても受験偏差値的には高くなります。学科の内容から女子は少なく、1クラスしかないのでクラス替えはありません。娘さんの場合は、この辺りも配慮されると良いと思います。

総合理学は東大寺、洛南、西大和など難関私立より難関ですか？

私は塾などの具体的データをもってるわけではないので、あくまでも聞く話や体感ですが、東大寺、洛南、西大和「よりも」難関ということはなく、でも東大寺、洛南、西大和に合格しても総理を選ぶ人もいるし（距離や学費の問題で）、東大寺、洛南、西大和には合格せずで総理に受かる人もいると言ったところです。特に上記の私立は高入りの場合の偏差値や難易度は中学受験層とは単純比較できず、東大寺も北野クラスの子の併願になって北野に受かればけられる位置になってしまってますから単純比較は難しいなと思います。（東大寺、そんなのもあってか高校受験なくなるそうですね）
進学大学名だけで優劣を比較するのもなんですが、総理のトップの子は現役東大も受かりますが関関同立マーチクラス私大や地方国公立に進学する生徒も一定数います。浪人もそれなりです。そして途中でやめる子も。40人クラスでこの幅なので、「模試の最難関偏差値の高校に挑戦したい」みたいな考え方から総理を選ぶと、違ってくると思います。最近、西宮エリアの塾が実績自慢のために総理合格数であおったりしていますが、実験好きか？研究好きか？で選んでください。（しつこく、すみません。うまくいかなかったケースを1度でなく身近で見てるので心配が先にたちます）