二世帯住宅と遺産相続｜掲示板スレッド

お知恵をお貸しください。現在二世帯住宅で義父と住んでいます（義母は死亡）。二世帯住宅は義父と夫の共有名義です。

夫には既婚子持ちの妹がいます。不動産については夫が二世帯住宅の父所有を相続し、義妹が父所有の賃貸マンションを相続する予定でした。遺言書もそのようになっていました。しかしその賃貸マンションを売却しました。義妹の希望（自分の相続予定分から自分の子供の住宅購入資金の援助にあてて欲しい）により義妹の子供の新居資金にマンションの売却資金の一部（子孫への住居資金の贈与特例が認められている上限の1000万）を贈与することになりました。
将来義父が亡くなり相続になった時に、問題が起きないか心配なのですが大丈夫でしょうか？
義妹が、「あれは孫への贈与であって、遺産相続は生前贈与は無関係として平等に相続計算してほしい」と言い出さないかと心配になりました。二世帯住宅の父分の権利を義妹と分けることにならないか不安になりました。勿論、義父は二世帯住宅は夫へと妹に言ってあるから大丈夫だと言いますが、普段の義妹の言動から不安に感じています。
義父は元気ではありますが、これから介護になる可能性も高く、その場合の負担は明らかに同居家族にかかるのですが、父自身は「自分はころっと逝くかもしれないし、同居家族のほうが負担がかかるかなんてわからない」と言っています。
普段から義父の健康や生活等にも気をつけている自分としては、ねぎらいの言葉だけ電話でかけてくる義妹と同じ貢献度の扱われていることにもやもやしたものはありますが、平等にという父の決定には異議はないのですが、それさえも怪しくなることが不安です。

生前に名義変更することも考えましたが、二世帯住宅相続の特例が適用されず、贈与税をかなり支払うことになるようです。相続時精算課税制度を使用すると二世帯住宅の特例を受けることが出来ません。

何か良い方法、気を付けておくことなどありますでしょうか？