再レスありがとうございます。こちらの先走りや見落としにも丁寧に応じていただき感謝いたします。

＞腸内細菌叢は3歳頃までに完成して、その後ゆっくりと変化する

この点、確かに小児期に腸内フローラの「骨格」が形成されるというのは広く知られる事実ですね。一方で、腸内細菌の構成比レベルでは成人後も食事や環境にかなり影響されるというのが、近年のメタゲノム解析の中で繰り返し示されています。

＞外からの乳酸菌やビフィズス菌などについては定着しないけれど体内でよい影響を与えるので継続的な摂取が意味を持つと思います。

ここはほぼ全面的に同意です。実際、菌が通過するだけでも代謝産物(短鎖脂肪酸など)や他の菌への刺激を通じて、間接的な整腸作用が確認されています。

＞悪玉菌イコール全くの悪ではなく、悪いこともするけれどそれらにしかできないよいこともする

全くもっておっしゃるとおりです。「善玉／悪玉」という二元論的なラベルは便宜上の区分で、実際には条件依存的な働きをする菌種が多数あります。たとえばメジャーどころで、大腸菌(Escherichia coli)なども腸内では常在菌として重要な役割を果たしますが、定着部位やバランスが崩れるとトラブルの元にもなる。

ただひとつだけ補足すると、「悪玉菌にもよい面がある」ことと、「外来菌が定着する＝悪影響」とするロジックは、やや接続が曖昧に感じました。前レスで私が言及した

＞定着されるならそれはまた別の問題があるような気がします

という文脈が、もし「悪玉とのバランス崩壊」を意味していたとすれば、その因果の筋道をもう少し明示していただけると、読み手側も整理しやすくなるかもしれません。

最後に、

＞たかがでもされど的な影響は無視できない

これは本当にその通りで、「たかが」1gの食物繊維や、1億個の菌が、腸内での化学反応の「火種」になることは、栄養学の基本でもあります。

今後も細菌の話にとどまらず、ヨーグルトという「日常品の奥行き」を楽しめる議論が続くと良いなあと、ぼんやり思っています。

＞定着されるならそれはまた別の問題があるような気がします
という文脈が、もし「悪玉とのバランス崩壊」を意味していたとすれば

そのとおりと思います。ただし、上記の引用からもれている＂簡単に＂というワードが重要と思います。簡単に定着されると容易にバランスを崩してしまいますので、簡単にはそうならない仕組みがいろいろあると聞いています。