知り合いに一人しか自治医大に行った人がいないのでn=1でごめんなさい。
その人は中国地方の県トップの公立高校を卒業して自治医大に行き、
今は島のお医者さんです。

具体的な高校名などが分からないので、現状の情報から考えられることを書きます。
・後期試験の影響
・県1位の高校の受験生の質

・後期試験の影響
自治医科大学を受験する場合、自然に国公立大学後期試験を受験できなくなります。また、後期試験（あるいは自治医科大学）を受験すると前期合格が取り消しになります（前期合格者が手続きをすると後期試験の受験資格がなくなるのが正しいです）。つまり、自治医科大学受験生には、前期医学部合格者がいないことになります（前期不合格者はいます）。

・県1位の高校の受験生の質
上記の内容を鑑みると、県1位の進学校で自治医科大学を受験する人というのは、そこまで優秀でないとなります（優秀なら前期医学部で合格しているはず）。そのため、県1位の進学校の自治医科大受験生の質は高くなく合格率も低くなります。
そもそも、自治医科大に入学するということは、へき地での勤務がある為、医師として活躍しようとする人は敬遠します。ある意味物好きが選ぶ大学なわけです。また、防衛医大同様、学費免除はありがたいですが、近年の医学部人気はすごく、経済的に貧しい人が（予備校や塾に通わずに合格を目指せないので）ほぼ合格できません。そのため学費免除、金銭の支給は（貧乏学生には魅力的ですが、合格ラインに到達している人にはあまり響きません）。

さらに、県1位の進学校の受験生で医学部志望となるとやはり東大理Ⅲ・京大医学部、次に地元の旧帝大の医学部、次に地元の国公立大医学部となり、自治医科大を第一志望とする人はかなり少ないです。やはりそうした思考回路の人が、自治医科大に向けて真剣に勉強することはあまりなく、第一志望対策が中心で、後期も地元などがメインでしょう。そこから自治医科大に受験を切り替えても対策をあまりしていないわけで真剣に狙っている人には負けてしまいます。県で3人程度となると、かなり例外的な人間（元から自治医科大学を志望している、間違って県1位の進学校に行けなかった人）が合格しているのでしょう。
なんだかんだ言って、県1位の進学校に通っている人はプライドだけは超1流で、学力が伴っているのは2割もいません。高校入試の成功体験から、7割の人は東大に合格できると思っていますから（入学当初はすくなくとも）。ただ、地元の非医学部に合格できれば成功な学校がほとんどです。

＞ちなみに自治医科大学を落ちた生徒はほとんどが旧帝に合格しています。
＞公平性にかけると思うのですが。

自治医大が求める人物像が有ります。
合格者は合否評価基準通りなんですよ。

>ちなみに自治医科大学を落ちた生徒はほとんどが旧帝に合格しています。

問題の質が違うかな。

自治医は共通テスト後ほどなく一次試験。国立前期受験日前に合格者は確定。自治医に来るかどうか合格発表の夜に電話がある。進むと決めると、国立前期後期試験日はいずれも県庁に本人が赴く必要ある。欠席すると合格取り消しも。
自治医最終合格の段階で、これを蹴れるのは現役のよほどの猛者くらい。僕の周囲でも東北、九州レベルの旧帝志願者でもたいてい自治医進学。一人だけ、阪大志望の奴が悩んだ挙句、辞退。でも結局入ったのは安全期して、その二つ下の地元大。自治医を悩むことなく蹴られるのは、国立推薦合格組だけだよ。まあ、この場合は自治医は選べないから辞退にもならないけどね。
自治医について、分からない人が多いようだね。確かに僻地はあるんだけど、たいてい四年ほどで、あとの五年は中枢病院か基幹病院。専門医ライセンスも不公平のないよう大学や県もいろいろ考えてるみたいだし。
まあ自治医は私立だけど公設民営というか、国公立というか立ち位置はともかく、進んで後悔ないようではあるみたい。
僕の病院にも自治医卒の眼科医もいるけど、当直では眼科以外も対応できるから、重宝されてるみたい。

旧帝医と自治医では問題の傾向が違いますし、旧帝は二次重視で小論文はないですから。ゴリゴリの二次対策をする進学高よりどちらかと言うとセンターや共テメインの 2番手高の方が自治医の傾向に合っているかもしれないですね。

>なんだかんだ言って、県1位の進学校に通っている人はプライドだけは超1流で、学力が伴っているのは2割もいません。高校入試の成功体験から、7割の人は東大に合格できると思っていますから（入学当初はすくなくとも）。ただ、地元の非医学部に合格できれば成功な学校がほとんどです。

ほんそれですわ！特に公立トップ校に多くて、親もそんな感じ。入学当初は鼻息荒く、東大ザマス！旧帝医ザマス！と息巻いてるけど、受験が近くなると現実を知り急に静かになる笑

公立トップ校にはほんとプライドだけは超一流の勘違い親が多くて困る。難関私立中高一貫校にはそんな親少ないのにね。