卒業生です。私が入学した時偏差値43程度(それでもやはり低いですが)でしたけど、全入になるまで下がってるのは残念ですね。
まず進学実績に力を入れれば生徒が集まるのではと思います。私は理系だったので文系クラスの授業の進度はわかりませんが、数Ⅲや理科2科目目(履修した人のみ)が高3の秋頃まで範囲が終わらないなど、中高一貫校なのに公立高校と進度が変わりません。だから国公立や難関私大に弱いのではと思います。
あと内部進学(評定3.0で合格)しやすいのも進学実績が上がらない原因かと思います。それで生徒全体的に大学受験への意識が低くなるのかと思います。