公務員最高というけれど

東京に限らず、全国の副知事は中央省庁出身が多いんでしょうね。
同級生にいました。
お父さんが副知事で転勤での国内の移動が多かったようです。

その通りです。都庁はなんとか総務省の介入は避けていますが。他はかならず押し込んできます。

総務省出身が一般的。東京はいないのか。

東京都は地方交付金もらっていないので｡いまはいません。しかし前回、桜井翔君の父親を擁立しようとしました。総務事務次官。現在電通副社長。小池知事は環境大臣。防衛大臣経験していますが､国は今後も介入してくるでしょう。現在の副知事は生え抜き３人とヤフー副社長から１人。

よくわかっていないのですが（文化庁移転の話が出るよりもずっと前から、今に至るまで）京都市役所に東京からの出向、という層がある程度いるのも何かからくりがあるのでしょうか。
小学生のお子さんをお持ちのような割と若い世代で、御所南小学区（京都の中では地価の一番高いエリア、市役所南）のマンションにお住まい。政令指定都市以外の地方自治体の役所では聞かないですよね。
習い事などでそういったお母さま方に会いましたが（言葉が違うので東京から来たという聞かされる前から分かりましたが）、「夫の仕事のせいで東京を離れないといけなくて、残念。早く戻りたい」感がほとんどの方にありました。

文化庁は国の組織ですのでわかりません。夕張市が破綻した時､石原知事が都庁から人を派遣｡後に夕張市長。いま北海道知事になっています。しかし東京都は地方自治体ですのでそんな権限はありません。交流制度なのでは｡

京都市の財政状態があまり良くないから、地方交付税交付団体になりますし、そうすると総務省の方から出向がやってくるのではないでしょうか。

バブル崩壊後、大阪市が交付団体になってしばらくして、カラ出張やヤミ年金などの職員厚遇問題が明るみになって大荒れになりましたが、あの頃、大阪市役所には総務省の出向者がいなくて、大阪府庁にはいた（大阪府の方が財政状態が悪かった）のが話題になっていたのを思い出します。

財政状態が良かった頃にはじまったお手盛りが続いていたわけで、さすがに外部から来た目があったら続けられない、という事もあるのでしょう。

文化庁は外局といって、官僚の出世街道とは関係ない人たちが多いそうで、だから京都移転に反対が少なかったという解説を読んだことがあります。

いろいろ誤解もあるので、整理。
日本国憲法には地方分権が定められていますが、つまりは、国の権限は地方に分権するということと、あくまで主権は国という2つの側面があります。

よって、初等教育や警察、消防のように地方が担う行政であっても、あくまでも国から分権されたものなので、独立国のようにはできないということ。

夕張のように実質破綻して財政管理団体になると、自由な行政はできなくなりますが、それ以前でも破綻しないよう総務省から監督を受け、無闇に高給を出したり、借金を増やしたりはできないようになっています。

結局、国民への住民サービス、健康で文化的な最低限度の生活を保障する責任は、地方だけでなく、国にもあるので、財源調整と言って貧乏な自治体であっても国から交付金を出して、やっていけるようにする代わりに、生保がパ[削除しました]に使い果たさないよう監視するのと同様に監視してるということです。

逆に東京のように国から補助してない不交付団体は自由ではありますが、やはり、放漫財政になりがちではありますね。