センターリサーチA判定での不合格

高3の娘、駿台、河合両方のセンターリサーチで余裕のA判定だったすべりどめに落ちました。ショックのあまりまだ受験を控えているのに勉強が手につきません。（涙）
A判定で落ちるのはマークミスや採点ミスとよくいわれますが、滑り止めよりワンランク上の、センター入試ボーダーであった大学からは補欠判定をいただいたので、自己採点が間違っているとも思えないのにです。

世界史が今一つ苦手なので、英語と現代文の2科での判定でした。
この大学の受験生のサイト情報では娘より点数の低い人が3科で合格しているようです。
センターリサーチのデータでは、娘の3科の点数でもボーダー越えでした。なので3科だったら合格していたのかも、とさえ思います。
こんなことってあるのでしょうか？？　2科の方が3科より不利なのでしょうか？何十点もの余裕のA判定だったため、ここの一般受験は出願しませんでした。　
今から、まだ間に合う所を出願するつもりですが、動揺が大きく親の私としても納得がいかず、気持ちが晴れません。似たような体験された方いらっしゃいますか？