中３の２学期帰国。区立中学？

都の教育委員会のホームページに編入受け入れている私立中高のリストがあります。高偏差値の中学は帰国子女の受け入れしている学校はそれなりにあります。

区立中学。短期間。それも中３になってからであれば、受験モードでヒドイことにはなっていないでしょう。あまり教育熱心ではない地区の方が、真面目にやっていれば内申パーフェクトもありえるかもしれません。

国立の学芸大附属高校が近いです。帰国枠がありますよ。たぶんクラスに2人くらいは帰国枠、それ以外の枠で入ってくる「隠れ帰国」の人も多いとの話です。
一般の高校入試は狭き門ですが。
学区がないので全国から集まる－実際は都内、神奈川、千葉、埼玉が多いーため、内申の点はそれほど合否に関係ありません。たとえば１や２がついていても「どうして１や２がついたか」等合理的にその背景をきちんと説明できた上で、学科テストでちゃんと点を取れることが重要です。