巣鴨は東大現浪合計二桁、国立医学部現浪合計二桁を目指せ

こんなのはどうでしょうか？

下策：校名変更、制服変更。巣鴨というと昔から滑り止め学校で有名だったし制服も生徒に評判が悪かったが、東大に30人とか40人とか合格してた。校名や制服は進学実績と関係ない。
中策：①昔のように学年全員の全科目の得点の開示をして発奮させる（今もやってるなら継続）②行事は中学までとし、高校は勉強中心とする。
上策：①高校募集は停止。②上位合格者が他校に行くのを少しでも思いとどまらせるため特待生を多く出す。③足切りシステムの導入。中学の入学者を450人に増やしつつ、他方で、中１の末で下位20％、中２の末で20％を成績不良を根拠に退学させて中３を288人にする。中１中２は義務教育中なので、退学させても問題は小さい。中2末又は中３はじめの段階で下位のレベルが低い場合は更に肩たたきをして高校受験させて追い出す。高校では生き残った生徒を信じて余程の成績不良・素行不良以外は進級させる。④能力別クラス編成。サピックスのように毎月の実力テスト（英数国のみとする）を元に中１から高１までクラス分けをする。高2からは志望系統別かつ科目別のクラス分けをする。⑤東大卒などで社会で活躍しているOBの講演を多数用意して、がり勉でなく自らの意思で学ぶようやる気を起こさせる。

教育哲学や校風は大事だと思います。
この中に生徒を大切にして成績不振の生徒であっても最後まで面倒を見るセーフティネットがあれば申し分ありません。
これで成功している学校もあります。
例えば芝と聖光です。
栄枯盛衰が激しい進学校の中で、芝はこれで大昔から浮き沈みなく安定的に一定の位置をキープし続けています。
聖光は昔はスパルタ風でしたが、現校長が就任してから大胆なマイルド路線に転換して成績不振の生徒であっても留年や放校は一切行わないという生徒にとってとても優しい校風へと変貌を遂げています。
ご存知の通り、聖光の人気は非常に高く大躍進しています。
生徒を預けて安心な学校→人気化→入学者偏差値向上→大学進学実績向上の好循環に乗ったのが聖光だと思います。
巣鴨の場合はこの聖光の事例がかなり参考になるのではないかと思うのです。

校名変更、制服変更、高校募集停止、行事の見直しなどは賛成しますが退学者を多く出したり学校内を予備校化したりするのは賛成しかねます。
まず退学者ですが退学者は学費の減少、学校の悪評判などデメリットはありますがメリットはあまりありません。極力退学者を減らす方針に切り替えるべきです。
また学校内の予備校化もあまり意味がない気がします。クラス編成が難しくなりますしそもそも東京ですので塾に行ってもらえばこと足りると思います。

・高校入試の廃止
完全中高一貫校とする

・中学入試、1日150名、2日150名の計300名のオーソドックスな形式のものとし、更に第一志望者を増加させるために両日受験者には加点措置をとる

・成績による留年や退学の廃止
入学させた以上は最後まで面倒を見る

・数クラの廃止、選抜クラスは設けない
全ての生徒を平等に扱う

・小テストの頻度を増して学力が日々確実に身に付くシステムを確率する

・席次公開を止める

・OBによる大学説明会（東大や医学部など）や職業説明会（医師や弁護士や研究者など）を年3回くらい実施して在校生のモチベーションの向上を図る

・校風の自由化
携帯持込の許可（授業中は電源オフ）
私服通学の許可（制服は標準服として残す）
文化祭体育祭以外の全ての行事を廃止

・楽しい学校の仕組みづくりを行う
班活動から部活動へ呼称変更し、部活動への参加を奨励する。同好会も認める。
文化祭体育祭は企画運営を生徒に委ねる

・楽しい学校としてのキャッチフレーズを作り、人気を高める
例：巣鴨楽園、青春巣鴨、ほんわか巣鴨・・・

・PTAの強化
学校と保護者の連携を密にして、生徒の学校内での様子が保護者へ十分に伝わるように図る。
これにより、生徒だけではなく保護者の満足度向上も図る。

まずは校長の交代かな。
「進学実績を追う教育はしていない」
といって進学実績を上げることから逃げている。
だから進学実績を気にする優秀層から外部高校に流出してその補充のために高校入試を辞められない。
高校入試を辞められず進学実績も低下し続けている。
どっかでこの負の流れを断ち切らないと。

とりあえずふんどし遠泳、寒稽古を廃止するだけで偏差値が向上するのでは？
巣鴨が避けられる理由の大きな要因が独自行事(特にふんどし遠泳のふんどしの部分と寒稽古)でしょう。
独自行事は大菩薩だけの一つやれば良いと思います。

出来るところからさっさとやっていけば必ず上向く。
後簡単なのは，制服の改訂　イートン風

広報担当の先生が入って広報活動はようやく人並みになりつつある。　一時期はネットで叩かれっぱなしだったからね。

もちろんコツコツ変えるのは大事でしょうけどもっと大胆に変える事も必要では？
例えば高校入試撤退で完全中高一貫化とか、共学化とか、大学係属校になるとか。
これから更なる少子化で相当学校経営が苦しくなるのは目に見えているので今のうちに大胆に改革するべきでは？