巣鴨は東大現浪合計二桁、国立医学部現浪合計二桁を目指せ

説明がだいぶ雑でした。
まず私は個人的には教科に関わらず選抜クラスというものには反対です。やはりご指摘の通りみんなで良い大学に行こうという雰囲気が今も変わらず無いようですが、その一因には選抜クラスというものの存在があると思います。ご存知だと思いますが、御三家、駒東、筑駒あたりには選抜クラスがありません。特に筑駒に関しては生徒がそれぞれの得意分野で刺激し合っています。こういった学校を目指した方が良いと思っているのですが、現実問題生徒の学力格差がありすぎるので選抜クラスをやめられないという事情もあると思います。なので私は生徒の学力格差を出来るだけ無くして選抜クラスを辞めるべきだと考えています。
生徒の学力格差を無くすためには2/1午前と2/1午後の差を出来るだけ縮める必要があるため、2/1午前の偏差値を上げる必要があります。そのためには学校としての魅力を上げなければならないため全行事の自由参加化、校名変更、制服リニューアル、グローバル教育の更なる強化、理科教育の強化などなどが打てる施策になると思います。
(本当は入試改革が一番良いと思います。別のOBの方の案ですが高校入試を廃止してその分の作問労力で

2/1国算理社　
60人
2/1午後算　　　　
20人

2/2国算理社　　　　

90人
2/3 国算理社　　　　
40人
2/4午前算(国or英の選択)
40人
2/5午前理
15人
合計265人
のようにするのはかなり良いのではないかと考えています。全体的に4教科で7割程度ですし、理科、算数特化人材も取れます。英語が強い小学生も取れますし、なりより数学、英語、理科に力を入れているというアピールになります。)
アウトプットが不足しているというのはちょっとどういう状況か分かりませんが宿題に関しては数学は難易度は明らかに適切ではないので改善が必要だと思います。もしかしたら英語も難易度が適切でないかもしれないので難易度を下げる必要があるかもしれません。
塾に関してはやはり認める姿勢が大事だと思います。大人の事情としては塾は不要というのは分かりますが、正直塾の方が教え方が上手いですし何より他校の生徒の刺激が得られます。立地が東京なので良い塾もいっぱいあるので(地方の学校とはわけが違う)塾は認めるべきだと思います。

ご指摘の通りだと思います。
現高校生の上位層は超進学校に負けていないと思います。その根拠はトップ層は東大（理Ⅲ含め)・難関国医のA判定や鉄緑のレギュラー最上位クラスに在籍の生徒もいます。この学年は文系含め現役で10名以上は可能だと思います。（実際高校入試で筑駒へ行った方もいます。）上位層は相当学校も期待されているそうです。学校は上位20％に照準を合わせた内容を行われてます。先生もはっきり他は相手にさせてない発言もあるようです。この上位層は何もしなくても、それぞれができる生徒やご家庭かと思います。
問題は中位層や下位層を引き上げることが全体の合格実績を上げられると思います。例えば宿題が多いと言われる巣鴨ですが、多くの専門家が言われるように、その宿題のレベルが各生徒のレベルに合致してないと全く意味がありません。宿題を廃止した方が無駄なく勉強時間を取れます。高校生にとっての１時間はお金に換算すると凄く高いと言われるように貴重です。
教科により熱の入れ方の差があると思います。ここも改善すべき点かと思います。
多くのご家庭が面倒見が良いやスパルタという評判で入学されていると思いますが、実際は一部に面倒見が良い形になっています。スパルタは朝稽古などの行事だけで、どちらかというと自由な学園生活だと思います。中受験残念組には留学や国立競技場での運動会など、楽しい学校生活を得られ、勉強もできます。悪い学校では決してありません。大学入試でのリベンジできる環境のある学校です。ただ中学入学時からの学力の差は余り変動しません。中位・下位には。。。。

巣鴨の数学クラスは、純粋に数学のみの選抜で、学期ごとに入れ替え、辞退者もいるとのこと。中3、高1のみで、受験期にはなくなるため、いわゆる進学実績作りのための選抜クラスとは異なりますよね。数学をより深く学ぼうという向学のための取り組みかと思われます。

辞退は基本できません。（修学旅行の為に、故意に数学の点数を取らない子は居ます。）数学をより学ぼうという素敵なカリキュラムではなく、基礎ではなくレベルの高い問題を行います。例えば自由参加ですが、１学年上が受けた模試を学校で受けるように勧められます。学校曰く、中３、高１の中だるみを防ぐための、モチベーションを上げるための選抜クラスだそうです。
尚、学年により数学だけではなく、数・英・国の上位で選抜された年もあります。（この選抜方法は結果が伴わなかったので廃止）つまり、数学の本質を学ぶクラスではないです。

学校側も生徒を伸ばそうと、色々と試行錯誤しているのですね。
色んな機会を与えられているということ、楽しんだ者勝ちですね！

学校も試行錯誤され、実績を上げる努力はされてます。例えば、夏休みなど希望者には補講ではなく講習などしてくれます。やる気のある生徒には楽しんだ者勝ち。数クラも学期ごとに入れ替わり組やボーダー組は自然に頑張ると思います。当然、安定上位は自然に頑張ってます。上手くできたシステムだと思います。だから、毎年数名必ず東大実績が出るのでしょう。
数クラだから理系志望と言うわけではありません。一学年上の模試の数学で満点取る生徒でも文系志望です。理系は東大志望より医学部志望が多い印象です。

選抜クラスなんて止めて生徒みんなを平等にすればいいのに。
学校の中という極めて小さな社会で生徒同士を競わせても視野が狭くなり疲弊するだけ。
それよりも生徒同士の和を求めた方が生徒は伸びると思う。
それと、この学校特有の奇怪な行事も含めてすべての学校行事を自由参加として、生徒に自由を与えた方が良いように思う。
生徒を大切にして留年や退学者や放校者を極力出さないようにする努力も必要だ。
とにかく学校の都合優先ではなく、生徒第一に物事を考えるべき。
この学校は根本的に間違っているような気がしてならない。

あいつは勉強ができる、スポーツができる、部活を頑張っている、など、それぞれに活躍の場があると活気が出るのは、男子校ならではなのか。
巣鴨は定期的に理IIIを輩出してきた伝統校で教育力も十分ある。教師陣にOBも多く、なんだかんだ言って先生達も一緒になって学園生活や行事を楽しんでいる（館山の巣園流は希望制なので、実は褌になる機会はほとんどの人が中1の夏一度きり。一生のネタか）大菩薩峠は、山岳班が中心となって準備している。コロナ禍以降、天候の影響もありできていないので開催を楽しみにしている模様。他人の目を気にすることなく、頑張ることがかっこいいという校風は今の時代に合っていると思う。