５年生３学期頃から放課後特別講座が始まり、６年生になった今は16：00～19：00まで毎日特別講座を受講もしくは自習しています。講座終了後は21：00頃まで自習室で自習をして帰ってきます。学校で自習をすると周りの雰囲気にも刺激を受けて集中できるようです。基本的に特別講座は教材費のみです。学校で完結できるので時間のロスもありません。
５年生前半までは緩い感じで心配でしたが、５年生後半から徐々にスイッチが入り始め、４月の勉強合宿や卒業生との座談会などさらに背中を押してくれます。

1年プレテストは毎年平均大体どれくらいなんでしょうか？

ご教示いただきありがとうございます！

息子は中一の時から理科1だけが非常に苦手（中学受験でも同様でした）で毎度補習にひっかかっております。
他の科目、特に英語などは得意でして、総合で見るとそう悪い成績というわけではないのですが。

正直理科１に関しては親子共々諦めつつあるのですが、そういった場合、進級が危うくなるなどあるのか懸念しております。。。
１教科だけ突出して出来ない場合、どういったことになるかもしご存知でしたらご教示いただければ幸いです。

我が家も中学入学から同じような不安を抱いており、なんとか受験生になりました。

ちょっと時間が空いてしまったので
読んでもらえないかもしれませんが、経験談です。

息子は歴史(日本史・世界史ともに)が壊滅的でした。
高1の２学期終了後、担任から連絡をいただき
３学期も社会が同じ成績なら進級の危機です
と言われました。
ちなみに歴史以外は全て上位成績でした。

担任に社会の先生に確認していただき
テストの点数云々より、授業を真面目に受ける。
補習は積極的に参加する。
提出物は期限以内に必ず提出する。
定期テストの間にやる豆テストは
再テストもあるので、ギリギリでもとにかく合格する。

などアドバイスを細かく教えてもらいました。

息子の場合難関は豆テスト合格でした。
家では中々親の言う事を聞かないのでどうしたもんか、、
と担任に相談していたら
なんと自分も一緒に豆テストの勉強をします。
(社会科全く関係ない先生です)
なので部活以外で帰りが遅くなる日もあると思いますが
宜しくお願いします。
と言って下さいました。

豆テスト前に息子が
「なんか俺至れり尽くせりなんだけど」
と言い出し、どういう事かと聞いたら
担任以外の先生複数からも応援の声をいただいたり
歴史が得意な友達が一緒に勉強してくれたり
本人からすると学年の先生や友達みんなが見守ってくれている感じがしたようです。

おかげで定期テストまで上手く行き
好成績ではなかったものの、ギリギリという事もなく
普通に進級できました。
先生方に感謝です。
一生懸命な生徒には学校も一生懸命応えてくれて
良い先生に恵まれたなと感謝しております。

5年生以降は、選択科目で歴史を外せたので
一安心というところです。　
進級基準さんも不安点は、先生に相談して下さい。
一緒に勉強してくれた対応は
たまたまそいうい担任だったというだけで
先生全員がしてくれるわけではないですが
どうしたら良いか具体的に教えてくれるはずです。
お子さんと一緒に頑張って下さい。

ご回答いただきありがとうございます。
まさかご返信いただけるとは思わなかったので、とても嬉しいです！

貴重な経験談をありがとうございます。
やはり１教科でも壊滅的だと進級の危機になること、それでも真面目に取り組んでいれば学校として支えていただけることが分かり、気が引き締まると同時に安心いたしました。

ご経験談からは、息子から聞き私も感じている「開智らしさ」が伝わってくるように思います。
親子ともども開智でよかったと日々感じながら過ごしておりますが、ますますその思いが強くなりました。

とはいってもこのままではまずいのは変わりがないので、息子のお尻を盛大に叩くとともに、担任の先生にも相談させていただこうと思います。

ご子息、受験生でいらっしゃるのですね。
来年綺麗な桜が咲くこと、心よりお祈り申し上げます。

本当にありがとうございました！

現在英語の習熟度別クラスはいくつにわけられているのでしょうか？

新コース（ITなどの）でどうなっているのかご存じの方いらっしゃたらご教示ください。

学年による違いもあります。
ITコースに限らず、1類と2類に別れます。
学年が上がるタイミングで見直しがあるようです。
1類や2類の中で更に習熟度別にαとβに別れます。
こちらは都度見直しがあるようです。
コースによる学力差は体感出来ません。誰でも希望するコースに入れると思います。
質問者さんの学年が分らないので、違う場合もあると思います。

GBコースは入学前に選抜試験を通過した人は取り出しクラスに入れるそうです
その他のコースの子も2学期から習熟度別にクラス編成されると保護者会で説明がありました。
今年度の入試でもまた制度が変わるようですので、かなり学年によって異なりそうです。