プライマリーでは、小学校1～4年生の4つの学年で構成された「Team」で日常の学校生活を過ごします。
下級生は上級生から学び、上級生は下級生のサポートをすることで、他者を思いやる気持ちやリーダーシップを育みます。
給食や掃除、遠足や運動会などの行事、様々な活動をこのTeamで行うことで、生涯を通して役立つコミュニケーション能力や社会性といった「非認知能力」を養うことができるのです。
セカンダリーでも、小5～中2までの4学年で同じようにTeamを編成します。
８年生は総合部の最上級生として、組織をまとめる経験を積み、「国際社会に貢献するリーダー」としての素養を身につけます。

開智学園総合部では、子どもの発達段階にあわせた「4－4－4制による12年一貫教育」を行っています。
中学受験や高校受験にとらわれることなく、自分の興味関心を起点とした「探究的な学び」を通して、「思いっきり遊び、じっくり学ぶ」ことができるのです。
最初の4年間は様々な「体験」を通して学習意欲や好奇心を育み、次の4年間では「探究学習」を通して主体的に学び、そして最後の4年間では将来の目標にあわせた進路への準備を徹底的に行います。
12年間を通して生涯の友人関係を築けるのも一貫教育の魅力です。

※セカンダリー（小5）からの編入試験も実施しています。
※中3からは、中高一貫部に合流します。

開智学園総合部では、開校当初から「探究学習」をカリキュラムの中核に据えています。
プライマリーでは、週に2時間「パーソナル」という授業があります。これは、何をどのように学ぶのかをすべて自分自身で設計する授業です。
また、セカンダリーでは、自分で設定した「探究テーマ」のもと、仮説検証型の学習を行い、全員が必ずプレゼンテーションを行います。
1年生から毎年行う宿泊学習（探究フィールドワーク）も開智の特長です。食・ものづくり・海・森など、様々な学年テーマのもとで探究学習を行います。
8年生のフィールドワークでは、自分自身で行き先を設定し、アポイントを取り、全て自らで設計する探究の旅にでかけます。