STAP細胞捏造事件の真相は？｜掲示板スレッド

＞＞(1) NGS （Next generation sequencing. つまりゲノムDNAの配列を決定しましたということ。あまり精度高くないけど今回の目的には十分）

＞この精度はあまり高くなく、今回の目的には不十分だと指摘している専門家もいます。

どこに？　提示されたし。


＞＞(2) SNPs (single nucleotide polymorphism) もともとのマウスの系統がわかる を使っている。
＞SNPsを使う意味は、全配列を決定することが大変だからでしょう。これは簡便法ではないですか。要するにDNAの塩基配列の違いを見つける方法のひとつ。「欠失」とか「繰り返し」とかも似たような方法のひとつということでしょう。
＞要するに、NGSだと、全配列決定できるが精度は落ちる。簡便法だと、精度はいいが、解析範囲が限定されてしまうということ。今回の解析の目的は、DNAの違いを検出することですから、違いがあったかなかったか、あったとしたら、その程度はどのくらいか、それによって「マウスの系統がわかる」。それだけです。

補完的に使われている場面がある。報告書にも書かれている。「マウスの系統がわかる」は、正確には「染色体のある部分が、母親と父親（別の系統）由来にする両方がそろっているか、片側に置き換わったかが判る」と書くべきだった。

＞要するに、この世には、いろいろな位置にGFPの挿入されたマウスが存在する。今回ES細胞とSTAP幹細胞で、GFP挿入位置が同だったという結果が出た。それは、そのES細胞とSTAP幹細胞が同じマウスから作られたことを示唆している。それしか言えないでしょう。

（正）
この世には、いろいろな位置にGFPの挿入されたES細胞が存在する。今回ES細胞とSTAP幹細胞で、GFP挿入位置が同じだったという結果が出た。そして、そのES細胞は、個体に戻されたことはない。マウス個体の体細胞から酸処理で作られたはずのSTAP幹細胞が同じGFP挿入位置を持つことは、そのSTAP細胞が体細胞から作られたのではなく、そのES細胞に由来する可能性が高い。

ES細胞と個体を混同しないように。ES細胞を個体に戻すのは今でもかなり面倒。小保方さんはその技術を持っていない。


＞そもそも、その変異が培養過程で生じた変異だという確実な証拠はあるのでしょうか？
個体での染色体異常は、重篤な影響が現れる。たとえば、人間では、もっとも小さな染色体のトリソミー（三本あるということ）のみ生存可能だが、ダウン症になる。強烈な選択圧がかかる。

＞それから、そのES細胞がSTAP細胞として捏造に使われたものとしますと、その時点での変異が一致したのならわかりますが、そのESは今も存在するわけですから、その時点以降も培養を繰り返されてきたわけでしょう？とすると、それ以後にも培養変異はランダムに起こっているはずなのに、なぜ、今の時点でのそのESとSTAP細胞の変異が完全に一致するのでしょうか？おかしくないですか？

培養細胞（ESを含む）は、簡単に凍結保存ができるのだよ。

＞＞X染色体構造異常は、ES細胞を樹立するときに生じたもので、こんな異常をもっているES細胞は、マウスに戻せないはず。
＞X染色体構造異常は、ES細胞を樹立するときにしか生じない、という意味ですか？ちょっとよくわかりません。

記載されているような大きな異常だと、かなりの確率で個体としては致死。GOF-ESは個体に戻せないだろう（つまりEmbryonic Stem状態を失っている）し、実際誰も戻していない。この異常はGOFマウスからES細胞を作る過程以後で起こったはず。（報告書にも書いてある）

報告書にはさらに、「6)ES 細胞 GOF-ES の元となった親の GOF マウスには、X 染色体構造異常が認められなかった」と書いてある。


＞＞(c)STAP 幹細胞 GLS は、ES 細胞 GOF-ES に由来する
＞＞の結論は、妥当である。ランダムに起こる染色体異常のパターンまで一致しているので。

＞私の仮説は、これは核移植ES細胞（ntES細胞）ですから、体細胞由来ESなので、同じもとマウスならば、100%一致するのは当然ではないか、というものです。

その仮説なら、報告書の「4)X 染色体上の構造異常(大きな欠失+末端重複逆位接続)が同一」「6)ES 細胞 GOF-ES の元となった親の GOF マウスには、X 染色体構造異常が認められなかったこと」はどう説明するの？

＞「培養変異」などというものが、DNA解析による個体識別に、明らかに影響してしまう程度に生じるものだとすれば、最初から、ES細胞とSTAP幹細胞のDNAの塩基配列を比べる実験の有意性は疑わしいということではないですか？

（正）
「培養変異」が、DNA解析による細胞識別によって明らかに検出できる程度の大きな差なので、ES細胞とSTAP幹細胞のDNAの塩基配列を比べる実験は有意性がある。

まったく別の変異であれば、だれも文句は言わない。独立にSTAPなる細胞とESを作成していれば、ランダムに起こる事象はここまで一致しない。

ntES細胞さん

＞もしかしたら、生データは調査委員会にとって都合の悪いものだったのではないか？一致するだろうと思っていたのに、DNAの同一性が不十分だった。そこで、仕方なしに培養変異などという話を持ち出してごまかしているのではないか？

理研の川合理事が会見で、いずれ生データを公開すると言っていましたよね。
ntES細胞さんが、どうしても調査結果が信用できないのなら、
信用できる研究機関に生データの解析を依頼しては？
費用が一千万円単位でかかってしまうかもしれませんが…

そこでSTAP≠ESとの科学的データが得られたら、ntES細胞さんの説に信憑性が出てくるかもしれません。
科学的データがないのに想像を披露されても、
共有できる情報がないですね、としか言いようがありません。

＞＞彼の専門的な疑問に答えられるのは調査委員会だろうから、そこに聞くのが一番早いと何人もの方が言っているんでしょう。

＞それが実現困難な言葉遊びに過ぎないことは、あなたご自身がとうにお分かりのはず。

その通りです。

私はここで下らない言葉の遊びにおつきあいするつもりはございません。

しかし、「理研に聞けばいい」というご意見には一言申し上げておきましょう。みなさんご存知のように、小保方氏は４月の段階で、理研調査委員会（石井委員長）から、「改竄」「捏造」の「研究不正認定」を受けました。

これに対して小保方氏は直ちに「不服申し立て」を行っております。詳細は今更述べませんが、私は極めて筋の通ったまっとうな反論だと思いました。しかし、それは完全に無視されてしまった。マスコミもその内容の正当性について全く報道しないのです。

今回の調査委員会の報告に対して、小保方氏は「不服申し立て」を行っておりませんが、当たり前です。ムダだからです。そういうわけで、私は理研に直接自分の疑問を提出しても無意味であろうと判断しております。

捏造の科学者　STAP細胞事件　
須田桃子著　　文芸春秋


出ましたね。今までの経過を時系列でまとめたものらしいですが笹井とのメールのやりとりが載っているようです。


笹井側から「重要な記者会見があるから須田さんも是非来てください」と連絡があったそうです。世紀の発見と相当に笹井が入れ込んでいたようです。


これから多数の本が出るでしょうが、確かに年末の理研の二つの会見は重要なのでこれを分かり易く解説した本が欲しいですね。科学ジャーナリストに期待するところ大です。

立花隆はこの問題に興味持ってないのかな？　
専門家では福岡伸一などが書いてくれるといいのだが。

＞＞この精度はあまり高くなく、今回の目的には不十分だと指摘している専門家もいます。

＞どこに？　提示されたし。


このブログを参考にしました。

「イスラエル・ハイテクベンチャーＣＥＯ兼ＣＳの脱＆非日本仲間日記」

http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4fa530c212ff4e86cd2b1d135bf3f07f

＞これに対して小保方氏は直ちに「不服申し立て」を行っております。詳細は今更述べませんが、私は極めて筋の通ったまっとうな反論だと思いました。


へえ～あれが真っ当なんですか？
どう真っ当なの？　あの不服申し立てが真っ当な理由をお書きください。

１．見やすくするためにサイズを変えて挿入した。そういうことをやってはいけないという認識がなかった。
２．沢山ＰＣに入れておいた画像から間違えて早稲田博士論文の画像をピックアップしてしまった。悪意のないミスである。真正画像をネイチャー側に提出した。


結局５月８日？に不服申し立ては却下されています。


それに今回は３杯葉から分化した画像を得た元のテラトーマ解析やっています。小保方が真正画像撮ったというホルマリン漬けのテラトーマのＤＮＡ解析で「ＥＳ細胞の可能性が極めて高い」と分析されています。


そもそも貴方は「理研は信用できない」というところから全てをスタートさせている。それは科学ではなく「こうあってほしい」という思い込みに過ぎない。

科学者としてのプライドがあるだろうから理研調査委員会メンバーは貴方の質問にきちんと答えると思いますよ。やってもいないのに「どうせ無駄」というのはどうなんでしょうね？

＞私には科学は分からぬ。
＞しかし、科学は疑問の余地のない公知だけの世界ではなかろう。
＞むしろ、分からぬものばかりのはずだ。

このような態度こそ、極めて科学的なものだと思われます。

科学者は、どこまでがわかっていることで、どこまでがわかっていないことか、そこを認識するところから始まるものでしょう。わからないくせにわかったようなフリをしたがる人間の虚栄心こそ、科学精神の最大の敵ではないでしょうか。

＞「イスラエル・ハイテクベンチャーＣＥＯ兼ＣＳの脱＆非日本仲間日記」


これは著者の経歴も不明だし書いてあることは完全にトンデモ本レベルですよ。
まだ「世に倦む日々」のほうがまともでしょう。